Fødevarestyrelsen holder et vågent øje med, om danske virksomheder overholder GMO-reglerne. De seneste års undersøgelser har vist, at antallet af overtrædelser af reglerne er lavt.
I 2013 udtog Fødevarestyrelsen 51 prøver af fødevarer med indhold af enten majs, soja, ris eller hørfrø og analyserede prøverne for ikke-deklareret GMO-indhold. Kun en enkelt prøve af tofu overholdt ikke reglerne, da den indeholdt GMO-soja, som ikke fremgik af mærkningen.
Fødevarer, som indeholder eller er fremstillet af en GMO, skal godkendes inden markedsføring i EU, og de skal være mærket til forbrugeren med oplysning om GMO-indholdet. En række genmodificerede planter – især majs og soja – er godkendt til fødevarebrug i EU på lige fod med ikke-genmodificerede varianter af afgrøderne.
Der markedsføres stort set ikke GMO-fødevarer på det danske marked, hvorfor man sjældent ser GMO-mærkede fødevarer i butikkerne.
